The heill manna erfðamengi Röð tveggja X-litninga og sjálfsóma úr kvenkyns vefjafrumulínunni hefur verið lokið. Þetta felur í sér 8% af erfðamengi röð sem vantaði í upprunalegu uppkastið sem kom út árið 2001.
The heill manna erfðamengi röð allra 3.055 milljarða basapöranna hefur verið opinberuð af Telomere-to-Telomere (T2T) Consortium. Þetta táknar mesta framförin á manna tilvísun erfðamengi gefin út árið 2001 af Celera Genomics and the International Human Erfðamengi Röðunarsamsteypu. Það erfðamengi röð náði yfir flest euchromatic svæðin en annað hvort sleppti heterochromatin svæðunum eða rangri framsetningu. Þessi svæði eru 8% af manna erfðamengi sem loksins er komið í ljós. Nýja T2T-CHM13 tilvísunin1 inniheldur heildarröð fyrir öll 22 sjálfsæfin auk litninga X. Þessi nýja viðmiðunarröð hefur einnig leiðrétt fjölmargar villur og hefur bætt við um það bil 200 milljón bp af nýjum röðum sem innihalda 2,226 genaafrit, þar af er spáð að 115 séu próteinkóðun.
Núverandi GRCh38.p13 viðmiðunarerfðamengi hefur verið vegna tveggja meiriháttar uppfærslur, önnur árið 2013 og hin árið 2019 á 2001 Celera erfðamengisröðinni. Hins vegar hafði það enn 151 milljón basapör af óþekktri röð dreifð um allt erfðamengi, þar á meðal pericentromeric og subtelomeric svæði, tvítekningar, gena- og ríbósóma DNA (rDNA) fylki, sem öll eru nauðsynleg fyrir grundvallar frumuferli. Nýja tilvísunin hefur verið nefnd T2T-CHM13 þar sem hún kemur frá raðgreiningu DNA úr CHM13 (Complete Hydatiform Mole) frumulínu og er framkvæmd af T2T hópi. Frumulínan er unnin úr óeðlilegu frjóvguðu eggi eða ofvexti vefja frá fylgjunni þar sem konur virðast vera óléttar (fölsk þungun), þess vegna táknar röðin aðeins tveggja X-litninga og sjálfsóma kvenkyns. Margvísleg raðtækni hefur verið notuð eins og PacBio, Oxford Nanopore, 100X og 70X Illumina röðunartæki svo eitthvað sé nefnt. Tækniframfarir í raðgreiningu hafa leitt til raðgreiningar á þeim 8% sem eftir eru eins og fyrr segir.
Eina takmörkun T2T-CHM13 röðarinnar er skortur á Y litningi. Þessi raðgreining er nú í gangi, með því að nota DNA úr HG002 frumulínu, sem hefur 46 (23 pör) með XY karyotype. Röðin verður síðan sett saman með sömu aðferðum sem þróuð voru fyrir arfhreina CHM13 erfðamengi.
Aðgengi T2T-CHM13 sem ný tilvísun erfðamengi táknar mikil bylting sem mun hjálpa til við að skilja hlutverk heterókrómatínsvæða og hjálpa til við að skilja áhrif þess á frumuferlana nánar. Þar til Y litninga raðgreiningu er lokið mun þetta þjóna sem viðmiðunarerfðamengi fyrir framtíðarrannsóknir til að skilja frumuferli og virkni.
***
Meðmæli
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A o.fl. Heildarröð a manna erfðamengi bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
